Wanneer een bedrijf een groothandelsvergunning heeft, moeten er procedures zijn voor de verschillende activiteiten. Deze documenten moeten voor alle medewerkers duidelijk, ondubbelzinnig en begrijpelijk zijn. In elk geval moeten hierin de verantwoordelijkheden en bevoegdheden van de verschillende betrokkenen bij het interne proces goed beschreven zijn. Deze documenten moeten goedgekeurd worden door de Verantwoordelijke Persoon.
Alle medewerkers die met geneesmiddelen werken moeten directe toegang hebben tot alle procedures die voor hun taken van belang zijn. Dit kan in de vorm van een papieren kwaliteitshandboek, maar de procedures kunnen ook digitaal beschikbaar zijn.
Goede procedures verkleinen de kans op het verslechteren van de kwaliteit van geneesmiddelen of op het leveren van verkeerde producten. Zij zorgen ervoor dat iedereen het werk op dezelfde manier uitvoert, dat onnodige afwijkingen worden voorkomen en dat voor iedereen bekend is hoe er moet worden gehandeld als er een afwijking wordt ontdekt.