Binnen de distributieketen is een groothandelaar een belangrijke schakel. Bij een groothandelaar denk je vaak aan een bedrijf dat grote partijen inkoopt en aan winkeliers kleine partijen doorverkoopt. De winkeliers verkopen de handel dan aan de consument. Maar binnen de GDP-richtlijn is iedereen die betrokken is bij de koop, verkoop en levering, langdurige opslag en export een groothandelaar (uitgezonderd apotheken en ziekenhuizen die geneesmiddelen direct verkopen of leveren aan patiënten). Dus ook als een bedrijf niet handelt in grote partijen geneesmiddelen kan deze volgens de GDP-richtlijn worden gezien als groothandelaar.
De GDP-richtlijn is daarom in het bijzonder gericht op groothandelaren. Het is voor groothandelaren alleen toegestaan om geneesmiddelen in te kopen bij of te ontvangen van een andere groothandelaar, fabrikant of bedrijf dat een vergunning heeft van de daartoe bevoegde autoriteit. Het is voor groothandelaren alleen toegestaan om geneesmiddelen af te leveren aan andere groothandelaren en aan degenen die bevoegd zijn om geneesmiddelen te verstrekken aan de consument.